Pada Tarikh 2 Februari 1998, Penerbangan 387 Cebu Pacific, sebuah pesawat siri DC-9-32 yang terbang dari Manila ke Cagayan de Oro, terhempas di lereng Gunung Sumagaya di Misamis Oriental, menewaskan kesemua 104 orang di dalam pesawat ketika mendekati Lapangan Terbang Lumbia. [68]
Pada Tarikh 28 Julai 2010, Penerbangan 5J509 Cebu Pacific, sebuah pesawat siri ATR 72-500, melantun ketika mendarat di Manila selepas penerbangan dari Lapangan Terbang Tuguegarao. Juruterbang melakukan mengelilingi dan mendapati bahawa mereka tidak dapat menarik kembali alat pendaratan. Pesawat melakukan pendaratan keutamaan di landasan 13. Pesawat (RP-C7254) dinyatakan kehilangan lumbung. [69]
Pada Tarikh 2 Jun 2013, Penerbangan 5J971 Cebu Pacific, sebuah pesawat siri Airbus A320-200 yang didaftarkan sebagai RP-C3266 dan membawa 165 penumpang masuk dari Manila, tergelincir di landasan di Lapangan Terbang Antarabangsa Francisco Bangoy dan penyiasat mendapati penyebabnya mungkin berpunca dari kesalahan manusia. Tiada kematian; namun, pesawat itu rosak teruk, dan penumpang mengalami kecederaan. Namun, pada Tahun 2014, pesawat itu kembali beroperasi, selepas 6 bulan melakukan pemeriksaan dan perbaikan. [70]
Pada Tarikh 4 Ogos 2017, Penerbangan 5J570 Cebu Pacific, sebuah pesawat siri Airbus A330-300 yang didaftarkan sebagai RP-C3341, disebabkan oleh kerosakan pada hidung, keluar dari landasan berhenti di tanah yang lembut ketika menaiki teksi untuk berlepas di Lapangan Terbang Antarabangsa Mactan-Cebu. Tiada kecederaan. Namun, pesawat tersebut mengalami kerosakan kecil. Landasan ditutup sehingga pesawat dipindahkan kembali ke permukaan berturap. Ia dinilai sebagai Insiden oleh pihak CAAP dan sedang disiasat. [71]
Pada Tarikh 13 Oktober 2017, Penerbangan 5J461 Cebu Pacific (RP-C3237) melintas ke sisi landasan Lapangan Terbang Antarabangsa Iloilo selepas mendarat. Kapten kemudian memulakan pemindahan. dan seorang penumpang menggambarkan pendaratan sebagai "mengerikan." [72]
Pada Tarikh 23 April 2018, Penerbangan 5J849 Cebu Pacific (RP-C4105) dari Manila ke Zamboanga dengan jumlah 172 orang di atas kapal, telah selamat tiba di landasan di Lapangan Terbang Antarabangsa Zamboanga dan hendak berpusing di hujung landasan ketika anak kapal perlu menghentikan manuver kerana kesalahan pemanduan gear hidung dalam penerbangan. Landasan dan lapangan terbang ditutup selama kira-kira 3 jam sehingga pesawat dapat dipindahkan ke apron. [73]
